A súa creación está intimamente relacionada coa ampliación das instalacións e co traslado da Escola Naval Militar a Marín, realizado no ano 1943. A esta institución pertencen algúns dos fondos expostos, así coma tamén, e de forma significativa, ó Museo Naval de Madrid. Os máis deles, emporiso, estaban en posesión do Museo dende a súa fundación grazas ás grandes contribucións das irmás Mendoza Babiano (sobriñas netas de Méndez Núñez), da Sociedad Arqueológica, do Gremio de Mareantes e tamén grazas ás doazóns de Casto Sampedro e doutras persoas que quixeron que Pontevedra lembrase o seu pasado, vinculado estreitamente co mar.
Nelas reúnense vellos modelos de famosas embarcacións, relevantes documentos, libros, óleos, gravados, mobles, instrumentos de navegación, bandeiras, armas, vestixios de barcos afundidos, fotografías, condecoracións, uniformes e outras pertenzas persoais, obxectos e recordos exóticos de terras moi distantes, noutrora españolas.
